净水器的结构大致有粗滤、活性炭吸附、离子交换树脂、中空纤维和反渗透膜等几种。用户购买净水器时必须认识产品质量的重要性。生产净水器的厂家必须取得上级卫生监督部门的卫生许可证，经过技术监督部门鉴定，符合国家的《生活饮用水水质标准》。净水器结构不同，净水效果也不同。一般说，一级过滤净水器结构简单，以活性炭为主，其过滤能力有限，只能用作粗过滤使用，过滤的水最好加热烧开饮用。一级过滤的净水器多数属于低档净水产品，每台售价在十几元至150元之间。
根据水处理方式选择净水器，所谓的电解水机都是化学制水，所以不要选用经过化学反应过程制水的净水器而要选用物理制水的制水机。
消费者在购买净水器的同时应该理性面对不同净水器厂家所推出的不同说法，净水器不是一次性家用电器，关乎消费者自身身体健康，购买时应考虑该净水器品牌是否经过国家质量监督局检验，是否符合国家饮用水标准，是否符合中国净水器行业标准。
根据水质选购净水器，不同地区的水质硬度不同，我国北方高硬度水质和南方石灰岩地区，水中钙、镁离子含量较高，容易结垢，净水器招商应选购带离子交换树脂滤芯的高级过滤净水器。用于城乡水质较浑浊的自来水净化的，应选购有粗滤、精滤双重功能的家用净水器。
对于水中污染严重，要求彻底滤除水中任何杂质，不需加热直接饮用的，应选购反渗透纯水机。